VotoDigitale permette la raccolta del voto in modalità segreta per votazioni di nomina ed in ogni occasione in cui i votanti richiedono segretezza per una maggiore libertà nell'espressione della preferenza.
L'identità dell'elettore viene mantenuta anonima grazie ad una procedura certificata di cifratura dei dati raccolti. La procedura garantisce da un lato la tranquillità di anonimato per il votante e dall'altra la sicurezza per l'amministratore che il dato raccolto non sia riconducibile in alcun modo all'autore.
La votazione segreta con VotoDigitale è perfettamente compatibile anche con eventi in videoconferenza, permettendo di risolvere facilmente situazioni talvolta complesse per via delle richieste dei votanti.
L'avvento della pandemia Covid-19 ha reso sempre più importante dotarsi di un sistema che garantisca l'anonimato durante la procedura di voto e per questo, a partire dal 2020, un numero crescente di organizzazioni hanno impiegato il sistema VotoDigitale per gestire la votazione elettronica in eventi a distanza tramite la videoconferenza.